EGNN
1 简介
- EGNN:Equivariant Graph Neural Networks,等变图神经网络
- Euclidean 3 group, E (3):3D 欧几里得群,尊重对象的平移、旋转和排列(反射 reflection)的等变性
- Special Euclidean 3 group,SE (3) :特殊3D 欧几里得群,尊重对象的平移、旋转的等变性
- 适用于刚性三维模型的建模,例如描述 3D 分子的变化
- 适用于粒子运动系统的模拟,例如N-body particle simulations
2 相关工作
3 原理
本节解释 EGNN 的演变和数学证明
附:正交矩阵与旋转
3.1 等式 3
等式三的主要证明结果在于,考虑了原子之间的坐标二范数,就可以实现 E (3) 等变,但是前提是 h 本身(node feature)和变化矩阵 Q 的正交性(这是没问题的,因为 3 3 的正交 Q 表示旋转、平移等变换)
同时,
回答:不需要,这里证明的是对于全部的 3 D 输入而言,在
3.2 等式 4
这一证明,表明原子间相对距离的消息传递是符合 E (3) 等变的。
4 代码实现
和代码描述基本一致,其中的
其中还试图加入 atten (MLP),不知道想干啥;
EGNN
5 相关下游任务
- 粒子运动系统
- QM 9 的分子相关
6 相关数据集
QM 9